메르스(중동호흡기증후군)사태와 관련한 문형표 전 보건복지부장관의 면죄부 감사 논란에 대하여,감사원은 해명자료를 내고,메르스 사태에 대한 국민적 의혹해소,재발방지 등 감사의 중요성을 고려하여 신속한 처리를 위해 최대한 노력하였으며,감사의 공정성과 객관성 확보를 위해 2015년12월15일 중징계요구 대상자에게 소명기회를 제공하고,같은해 12월17일 삼성서울병원 등 이해 관계자의 소명서 제출에 따라 2016년 1월6일 의견청취 절차를 거쳐 2016년1월12일 감사위원회의에서 감사결과를 최종 확정하였으므로 발표를 지연했다는 보도는 사실과 다르다고 해명했다.

문형표 전보건복지부장관과 장옥주 전차관의 책임에 관해서는 이번 감사는 2015년9월10일에 실지감사에 착수하였으며,문영표 전장관은 감사 착수 전인 2015년8월26일에, 장옥주 전차관은 감사 실시 중인 2015년10월21일에 각각 사퇴하였으므로 징계 책임을 물을 수 없었다고 해명했다.

또한 감사원은 고위직 관련 중징계 사항 등에 대해서는 퇴직자라도 관계기관에 비위행위를 통보하고 있으나,문형표 전장관과 장옥주 전차관의 경우 조사결과 중징계 또는 중대한 비위행위에 해당하는 사실이 확인되지 않아 별도로 통보하지 않았다고 밝혔다.