누리과정 예산 미편성으로 인해 정부와 시.도교육청간의 책임을 놓고 힘겨루기가 계속되고 있는 가운데 보육대란을 막기 위해서는 지난해 국회를 통과한 목적예비비 3,000억원의 즉각적인 집행이 필요하다는 지적이 나오고 있다.
그러나 교육부 관계자는 당장 목적예비비 3,000억원을 지원할 계획이 없다면서 집행에 소극적이다.

누리과정 예산 편성이 되지 않아 준예산 체제에 들어간 경기지역 일부 지자체들은 예비비 등의 자체 예산으로 사태를 막겠다고 나서고 있는 가운데, 수원시는 도의회가 누리과정 예산을 편성하지 않아 피해가 우려되자 시 예산으로 보육비 159억원을 긴급 지원하기로 했다. 이는 관내 3-5세 어린이 1만 1,339명의 4-5개월치 누리과정예산에 해당된다.

용인시와 일부 지자체도  자체예산으로 한 누리과정 예산 편성이 가능한 것인지 법적 검토 중인것으로 알려졌다.

경기도도 8일 주간정책회의를 열어 각 지자체가 누리과정 예산 편성해서 집행하게 되면 도차원에서 적극적으로 예산지원을 할 방침인 것으로 알려졌다.
그러나 이마저도 현행법을 위반한다는 주장이 있어 여의치가 않다.

영유아보육법 시행령 제23조(무상교육 실시 비용)에 따르면 영유아 무상보육 실시에 드는 비용은 예산의 범위에서 지출하되 '지방교육재정교부금법'에 따른 '보통교부금'으로 부담한다고 규정되어 있어 지자체 자체예산으로 만3-5세 누리과정 보육비를 지원하는 것은 영유아 보육법 시행령을 위반하는 행위라는 주장이 있어 신중을 기하는 입장이다.